L'Imam Dja'afar Ibn Mohammad, as-Sâdiq, fils du cinquième Imam, est né en 83/702. Il mourut martyr en 148/765 selon les traditions shi'ites, empoisonné par ordre du calife Abasside, al Mansûr. Après la mort de son père, il devint Imam par Ordre divin et décret de ses prédécesseurs. Durant son imamat, le sixième Imam, jouit de plus grandes libertés et d’un climat plus favorable pour la propagation des enseignements religieux. Ce répit fut la conséquence de révoltes en terre islamique, notamment le soulèvement de Moswaddah visant à renverser le califat omeyyad, et des guerres sanglantes qui aboutirent finalement à sa chute. Les circonstances plus favorables à l'enseignement shi'ite étaient aussi le résultat du terrain que le cinquième Imam avait préparé pendant son imamat de vigt ans par la propagation des enseignements véritables de l'Islam et des sciences de la famille du Prophète.

L'Imam profita des circonstances pour répandre les sciences religieuses tout au long de son imamat, contemporain de la fin des omeyyads et du début du califat Abbasâde. II instruisit plusieurs savants dans les différents domaines des sciences spéculatives et traditionnelles (aqli wa naqli) tels Zarârah, Mohammad Ibn Muslim, Mu'min Tâq, Hisham Ibn Hakam, Abân Ibn Taghlab, Hishâm Ibn Salim, Hurayz, Hishâm Kalbi Nassâbah et Djâbir Ibn Hyyân l'alchimiste. Même certains savants sunnites importants comme Sufyän Thawrï, Abu Hanifah, le fondateur de l'école Hanafî.Qâdi Sukûnî, Qâdi Abu al Bakhtari, et d'autres, eurent l’honneur d'être parmi ses étudiants. On raconte que de ses cours sortirent quatre mille savants dans le hadith et autres sciences.  Le nombre de hadiths rapportés des cinquième et sixième Imams dépasse celui des hadiths rapportés du Prophète et des autres dix Imams réunis.

Mais vers la fin de sa vie, l'Imam fut soumis à de sévères restrictions de la part du calife Abbasside, al Mansûr, qui ordonna de torturer et d'assassiner beaucoup de descendants du Prophète qui étaient shi'ites, au point qu'il surpassa en cruauté les Omeyyads. Sur ses ordres, ils furent arrêtés par groupes, certains jetés dans des prisons profondes et sombres et torturés jusqu'à la mort; d'autres furent décapités, enterrés vivants ou placés dans les fondations ou entre les murs de constructions et emmurés vivants.

Hishim, le calife omeyyad, avait ordonné que le sixième Imam fut arrêté et en présence de son père, le cinquième Imam, emmené à Damas. plus tard, l'Imam Sadiq fut arrété par Saffâh, le calife Abbasside, et emmené en Iraq. Finalement Mansûr le fit arréter de nouveau et emmener à Sâmarrah où il fut gardé à vue. Mansûr était rude et irrespectueux envers l'Imam et projeta plusieurs fois de le tuer.  Finalement l'Imam fut autorisé à retourner à Médine où il passa le reste de sa vie dans la retraite, jusqu'à ce qu'il soit empoisonné à la suite des intrigues de Mansûr.

A l'annonce de la nouvelle du martyre de l'Imam, Mansûr écrivit au gouverneur de Médine, lui ordonnant de se rendre à la maison de l'Imam sous prétexte d'exprimer ses condoléances à la famille, et de demander à voir et à lire le testament de l'Imam. Quiconque était choisi par l'Imam comme son héritier et successeur devait être décapité sur place. Le but de Mansûr était évidenunent de mettre un terme à toute la question de l'imamat et des aspirations shi'ites. Quand le gouverneur de Médine, conformèment aux ordres reçus, lut le testament, il vit que l'Imam avait choisi quatre personnes plutôt qu'une seule pour administrer son testament : le calife lui-même, le gouverneur de Médine, Abdallah Aftah, le fils ainé de l'Imam et Mussa, le plus jeune fils. De cette manière le complôt de Mansûr échoua.